GEO Getter

公開 GEO / ENA データに紐づく raw FASTQ ファイルと、GEO レコードで配布されている supplementary / processed ファイルのダウンロード支援ツールです。

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対象データ

• 公開 SRA / ENA / DRA アクセッションに紐づく raw FASTQ ファイル
• GEO レコードで配布されている supplementary / processed ファイル

インストール

最新版は GitHub Releases からダウンロードします。

• 通常は .exe インストーラーを使います。インストール後は、スタートメニューから GEO Getter を起動します。
• インストールせずに使う場合は win-x64-portable.zip を展開し、start_geo_getter.vbs を実行します。
• 必要な環境: Windows 10 / 11 64-bit、インターネット接続、取得するファイルに十分な空き容量。
• インストーラーは未署名のため、Windows SmartScreen の警告が表示される場合があります。

基本操作

1. GEO Getter を起動します。
2. 対応するアクセッションまたは GEO ページ URL を貼り付けます。
3. ファイルを検索 を押します。
4. ダウンロード対象の raw FASTQ ファイルまたは GEO supplementary / processed ファイルを選びます。
5. 出力先を確認します。初期設定では、Downloads\GEOGetter の下にアクセッションごとのフォルダを作成します。
6. 選択ファイルをダウンロード を押します。

対応入力

入力	例
GEO アクセッション	GSE52778, GSM...
GEO ページ URL	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778
SRA / ENA / DRA アクセッション	SRP..., SRX..., SRR..., SRS..., ERP..., ERX..., ERR..., ERS..., DRP..., DRX..., DRR..., DRS...
BioProject アクセッション	PRJNA..., PRJEB..., PRJDB...
BioSample アクセッション	SAMN..., SAMEA..., SAMD...

出力

選択したファイルと TSV は、アプリに表示されるアクセッションフォルダに出力されます。

Downloads/GEOGetter/
  GSE52778/
    GSE52778_fastq_manifest.tsv
    GSE52778_supplementary_manifest.tsv
    GSE52778_download_log.tsv
    SRR1039508_1.fastq.gz

• *_fastq_manifest.tsv: FASTQ の取得元 URL、ENA から取得した MD5、想定サイズ、保存先。
• *_supplementary_manifest.tsv: supplementary / processed ファイルの URL と保存先。
• *_download_log.tsv: 選択したファイルごとのダウンロード結果。
• verification_report.tsv: 保存済み FASTQ を後から検証した場合のレポート。

チェックと再開

• FASTQ は、ENA が MD5 を返す場合に保存後の MD5 と照合します。
• GEO supplementary / processed ファイルは GEO の配布 URL から取得します。ENA FASTQ 用の MD5 では照合しません。
• 保存済み FASTQ を後から確認する場合は、ツール > 保存済みFASTQを確認 で *_fastq_manifest.tsv を選びます。verification_report.tsv は同じフォルダに出力されます。
• 中断した FASTQ ダウンロードは、同じ保存先を選ぶと再開できます。ただし、そのフォルダ内の FASTQ マニフェストとダウンロードログが今回の FASTQ 選択と一致する場合に限ります。途中までのファイルは .part として残ります。